اضطرت هذه الأمارات والمشيخات إلى الاتجاه صوب الجنوب والاتصال بالسلطان عماره دونكقس والذي كان مسيطرا على تجارة ذلك القطاع الذي كان مركز تجمع التجارة وانطلاقها صوب الشرق .

وقد تم القضاء على مماكة علوة في عام ١٠٠٤/٩١٠هـ م ١٥٠٠م ولكن ظل الأمراء في عاصمتهم القديمة حتى ديسمبر ١٥٢١م/٩٢٧هـ .

ولكن عماره دونكقس قد اضطر إلى أن ينتقل مقر حكمه إلى مدينة سناق عام ١٠٣٤هـ / ٣٩٤٠م وهي السنة التي قتل فيها المجاهد الاسلامي أحمد القرين الذي كان يقاتل ملوك الحبشة المسيحيين بعد أن بدأ نشاط الحركة الاسلامية في ذلك الجزء الشرقي يقل تدريجيا بتدخل البرتغاليين بجانب الأحباش المسيحيين - ولكن ليس معنى هذا أن مدينة سنار قد نشأت في القرن العاشر الهجرى ، السادس عشر الميلادي ذلك لأن نشأتها وتطورها كان قد تم قبل ذلك بوقت طويل لكن اتخاذها عاصمة قد تم في ذلك الوقت .

ومن الثابت أن عمارة دونكقس وحلفاءه من العرب قد شاركوا مشا ركة فعالة في حركة الجهاد الاسلامي التى كانت تدور في تلك المنطقة من القارة الأفريقية وبالذات في المنطقة الواقعة شرق النيل الأزرق ، حين حارب قبائل البلو في المنطقة الشمالية الغربية لأثيوبيا ، وذلك لأن روايات السودانيين المتواترة المحلية تذكر أنه قد حدث قتال وصراع بين الفونج بزعامة عماره دونكقس وبين قبائل البلو الأفريقية وذلك في السنوات العشر الأولى من انقرن السادس عشر الميلادي . وقد خرج . منها أمراء الفونج وحلفاؤهم من العرب منتصرين كما انتصروا من قبل على مملكة سوبا كما أن بعض الروايات تذكر أن عماره دونكقس قد اتصل بالعثمانيين الذين بسطوا نفوذهم على سواكن عام ١٥١٧م وذلك قبل رحيله إلى سنار عام ١٥٣٤ - ١٥٤٣م والتى كانت هناك ظروف سياسة أملت على الفونج هذا الانتقال التي منها قرب هؤلاء السلاطين من مناطق النفوذ الجديدة حيث كان سلطانهم قد امتد على وادي النيل ل ٥٥